К тегам можно добавлять подтег idx для того, чтобы создать индекс на странице через плагин Index Notes.
Для создания общего оглавления, которое ссылается на другие idx, следуюет создать mata_idx основным тегом или подтегом к другому тегу для уменьшения выборки отображаемых idx.
Стоит уменьшить вложенности. Если есть подтема, которая может быть по размеру сопоставима с основной, то стоит выделить в отдельную подкатегорию тегов и просто ставить оба тега для заметки.
Также есть и другие плагины, например: Waypoint.