Лучше всего нумеровать папки для того, чтобы управлять порядком их отображения. Я предпочитаю такой шаблон: 00 - {{title}}.
На основе этого видео у меня сформировалась следующая папочная структура для ведения заметок:
Journal - здесь хранятся ежедневные заметки. Пишем свои мысли и идеи так как нам удобнее и в дальнейшем прорабатываем. если что то показалось нам интересным. Также можно вести дневник в ежедневных записях.
Inbox - здесь хранятся наброски для вечнозеленых заметок. Записи должны со временем прорабатываться и становиться вечнозелеными или же отбрасываться.
Kanban - доска для задач. Ведутся лишь для того, чтобы иногда было к чему возвращаться и развивать.
Templates - папка с шаблонами заметок.
Outliners - здесь хранятся заметки собирающую связанные записи, чтобы при возвращении к какому либо проекту мы могли с легкостью найти записи не вошедшие в проект, но относящиеся к нему. Предлагаю здесь хранить индексы.
Proper Names - здесь храним определения для имен собственных. То есть не совсем наши записи, но то, что необходимо для понимания тем, кто будет читать наши заметки.
Logs - здесь храним записи о продвижении тех или иных идей и проектов. Как они развиваются.
Projects - здесь хранятся вечнозеленые заметки, которые уже более чем сформированы в какую то идею отражающуюся в названии подпапки.